首辅最大贡献，则在于使各种人才都能在政府中发挥长处。大才小才，庸才劣才，全部如是。对他们起感化和领导的作用，即为申时行所称的“诚意”。
除非把全部文官罢免，而代之以不同的组织和不同的原则，身为首辅的人只能和文官合作，按照他们的共同意志办事。申时行没有忽略文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有阳则有阴。他必须恰如其分地处理此中的矛盾。时势要求申时行充当和事佬，他就担任这样角色，至于别人的评价如“首尾两端”之类，就只能付诸一笑。
一身而具有“阴”、“阳”的两重性。有“阳”则有“阴”，既有道德伦理，就有私心贪欲。这种“阴”也绝非人间的力量所能加以消灭的。于是，他既不强迫臣僚接受他的主张，也不反对臣僚的意见，而是对这一切漠然置之。他的这种消极怠工自然没有公然以圣旨的形式宣布，但在别人看来则已洞若观火。
本朝的制度，应当说事不能听任这种党争发展的。我们的司法制度极为简单，缺乏判决争端的根据。即使事技术上的问题送交御前请求决定，也要翻译成为道德问题，以至善或极恶的名义作出断语。在这种具体情况下，只有使全部文官按照“四书”的教导，以忠厚之道待人接物，约束自己的私心，尊重别人的利益，大事化小，小事化无，朝廷才能上下一心，和衷共济。要是官员们口诵经典中的词句，称自己为君子，别人为小人，在道德的掩盖下夺权争利，这就把原则整个颠倒了。这种做法会导致文官集团的涣散，进而导致我们的帝国无法治理。